Nach Antemperierung und Desinfektion werden Eier in Erbrütungseinheiten aufgelegt, in denen Sie, abhängig von der Wassertemperatur binnen 6-10 Tagen nach der Ankunft, zu Schlüpfen beginnen. Ungeachtet des Inkubationssystems, sollte der Hygienestandard auf höchstem Niveau sein. Dies beinhaltet unter anderem die Desinfektion von Schuhwerk und Händen vor Eintritt in die Bruträume. Regelmäßiges säubern und Desinfizieren der Ausrüstung wird ebenso empfohlen. Eventuell auftretende tote Eier sollten täglich entfernt werden um Pilzinfektionen (Saprolegnia) zu vermeiden, die sonst gute Eier befallen und diese überwuchern. Das Entfernen toter Eier ist zeitaufwendig. Im Falle großer Batches kann chemische Behandlung zu Bekämpfung von Verpilzung helfen. Die Zugabe von Formalin am Einlauf ist sehr effizient, aber auch Hydrogenperoxid kann verwendet werden. Forelleneier sollten 24 Std vor Schlupfbeginn nicht mehr mit Formalin behandelt werden. Schlüpfende Fische und Dottersackbrut sind sehr empfindlich, sodass vom Behandeln mit Chemikalien abgeraten wird.
 
Viele verschiedene Erbrütungsmethoden finden Anwendung, aber die am meisten verbreiteten sind eines der drei nachfolgenden Systeme:

1. Kalifornische Brutkästen, welche üblicherweise aus Glasfiber hergestellt sind. Die 4-8 Fächer, die horizontal angeordnet sind, werden vom Wasser von unten und vorne durchflossen. Das Wasser fließt nach hinten ab und gelangt so in das dahinter liegende nächste Fach. Pro Kasten können 1-2 Liter Eier aufgelegt werden und um die Eiinspektion und das Auslesen toter Eier zu vereinfachen, sollte nur wenige Lagen erbrütet werden. Ein großer Vorteil dieses Systems besteht darin, dass auch das Anfüttern in den Kästen vorgenommen werden kann.

2. Vertikale Inkubatoren, in denen die Kästen gestapelt; und im Gegensatz zum Kalifornischen System hintereinander (horizontal), aufgelegt werden. Das Wasser wird dadurch, das es durch den Brutkastenstapel fließt auch gleichzeitig entgast bzw. belüftet, sodass bei diesem System neben einem geringen Wasserbedarf auch relativ wenig Platz benötigt wird. Die geschlüpfte Brut kann bis zum Aufsteigen (schwimmen) in den Kästen verbleiben und wird erst dann zum Anfüttern in die Rinnen umgesetzt.

3. Unterstrom – Inkubatoren, sind in der Regel Gläser aus PVC, Fieberglas oder ähnlichem Material. Hier fließt das Wasser von unten nach oben und schwemmt dabei durch den Auftrieb die geschlüpfte Brut aus dem Inkubator in die angeschlossenen Anfütterungseinheiten.

Im Allgemeinen ist es ratsam den Sauerstoffgehalt während der Erbrütung zu überwachen, bzw. zu kontrollieren. Dieser sollte 8 mg/L am Auslauf nicht unterschreiten. Ebenso wichtig ist die Wassertemperatur, da mehr als 11 C über einen längeren Zeitraum, schädlich für die Eier ist. Grund – bzw. Tiefenwasser, das über Bohrlöcher oder Brunnen als Bruthauswasser genutzt wird, kann durch Gasübersättigung zum Problem werden. Pumpwasser kann den Gasdruck ebenso erhöhen. Frisch geschlüpfte Brut ist bereits bei geringen Schwankungen des CO2- Gehalts und des Drucks sehr empfindlich.